IRPF en facturas y modelo 130

Hola,
Justo ahora en Septiembre empiezo mi actividad como nuevo autónomo. Nunca he sido autónomo anteriormente.

Me han surgido muchas dudas pero hay algo que no consigo entender. Os planteo mi situación a ver si me podéis dar una mano.

Me di de alta en tres epígrafes diferentes (845, 765 i 932.1) en el alta censal de hacienda (uno profesional y otro empresarial). Así que estoy obligado por ahora a presentar el pago trimestral del IRPF mediante el modelo 130. Así lo especifique en el 037.

Voy a colaborar con una empresa de formación cada mes i ya quedamos que les tenia que presentar una factura mensual con su correspondiente IVA y una retención del 9%.
Este mes ademas voy presentar dos facturas mas, una a una empresa SL y otra a un particular autonomo. Estos dos últimos me han pedido que no ponga el IRPF en la factura. Son actividades relacionadas con la informatica.

Mis dudas referentes al modelo 130 del IRPF:
1.Entiendo que de mi facturación hay que ingresar el 20% a hacienda. Pero en el caso de la primera factura ya he aplicado una retención del 9%.
2. Me dijeron que Las retenciones del IRPF de los nuevos autónomos es del 9%. Como se indica eso en el pago trimestral del 130?
3.Para terminar vamos a hacer una suposicion... llega el momento de presentar el modelo 130... y mi facturación ha sido de 3000€ en algunas facturas he retenido el 9% y en otras nada. No tengo ni idea de como actuar en este caso...

Os agradeceria muchisimo si me podeis ayudar.
Sé que lo mejor es contratar un gestor pero acabo de empezar i mi situación economica no es muy buena.

Gracias