Retención IRPF los tres primeros años

Hola, tengo algunas dudas relacionadas con las retenciones del IRPF y me gustaría que alguien me aconsejara:
Yo me di de alta como autónomo en Febrero del 2013, y al hacerlo, me dijeron que los tres primeros años de autónomo el tipo de retención en las facturas era del 9%. En Julio y Agosto de ése año me di de baja porque me iban a contratar por cuenta ajena y en Septiembre volví a darme de alta como autónomo hasta Julio y Agosto de este año en que me volví a dar de baja por el mismo motivo. Este mes de Septiembre me di de nuevo de alta y me comunican que tengo que aplicar en las facturas una retención del 21%, ya que sólo se puede aplicar el 9% los tres primeros años si el año anterior no ha habido actividad.
Mis dudas son las siguientes: La facturas que presenté de Septiembre a Diciembre de 2013, ¿tenían que haber ido con el 21% o con el 9%? Yo supongo que con el 9% al no haber cambiado de año fiscal.
¿Cómo puedo solucionar lo de las facturas presentadas de Enero a Junio de 2014, que van con el 9% y se supone que deberían haber ido con el 21%?
¿Puedo tener algún problema con Hacienda o con mi declaración de la Renta correspondiente al año 2013?
Voy a tratar de pasarme por Hacienda a ver qué me dicen allí, pero mientras tanto, si alguien puede ayudarme, se lo agradecería mucho.
Un saludo y muchas gracias.