Dudas sobre retención IRPF 9%, 21%

Me dedico a la formación no reglada, este es mi primer año como autónomo y las facturas que he emitido he aplicado una retención por IRPF del 21%. Desconocía que había la opción de aplicar sólo el 9% durante los primeros 3 años de actividad. Mi consulta es la siguiente:
¿El aplicar el 9% es una medida para disponer de mayor liquidez y por tanto la aportación final del IRPF se regulazará a final de año con la declaración de la renta conforme a mis ingresos totales anuales? o bien ¿Es una bonificación para incentivarme en al actividad como autónomo?. En este caso, ¿Cuándo haga mi declaración de la renta Hacienda me regulará esta aportación devolviéndome la diferencia entre el 21% que he aplicado frente al 9% que podría haber aplicado?