Sociedad limitada (2 socios)

Buenas,

Soy trabajador por cuenta ajena y tengo intención de formar una Sociedad Limitada, con otra persona que ya es autonoma y tiene Empresa. La intención es llevarlo todo a 50%.
Por lo que he leido por aquí, debe nombrarse un administrador y que este debe cotizar como autonomo. Como él ya lo hace, lo ideal es que fuese él. Y yo ser socio no administrador, ya que no me puedo permitir pagar la couta de autonomo, sin saber que beneficio generará la Sociedad.
No quiero pensar mal de mi socio, ¿pero podría esto ponerme en desventaja de alguna manera en la Sociedad Limitada?

Gracias
Un saludo