Gastos

Yo facturo mensualmente a una empresa en Canadá, tengo un contrato de colaboración con ellos, trabajo en España pero facturo a Canadá, en esta caso no pongo retención de IRPF y en Hacienda me he dado de alta con la opción de considerar el IRPF en la declaración de Renta. Con la empresa en cuestión, tengo acordado el pago de gastos mensuales (dietas, kilómetros, peajes, parkings, etc) y hasta ahora los he pasado con una hoja excel y me los han pagado con un ingreso a mi banco, ¿es correcto este procedimiento o debería de ponerlos en mi factura mensual?