Facturas a empresas sin ROI

Buenos días. Me gustaría saber lo siguiente: si yo tengo número de ROI pero la empresa de la UE a la que facturo no lo tiene, le tengo que facturar el IVA. ¿Pero luego debo yo pagar ese IVA a la Agencia Tributaria o sólo debo informar de ello en el modelo 303? Muchas gracias.