Paro trabajando por cuenta ajena y como autónomo

Actualmente estoy trabajando por cuenta ajena y simultaneamente estoy dado de alta como autónomo y tengo una sociedad dada de alta y funcionando.
La empresa en la que trabajo (por cuenta ajena) esta muy mal y es posible que en los próximos días me despidan. ¿Debería darme de baja como autónomo para poder cobrar el paro y pedir la capitalización del paro?¿Al darme de baja como autónomo tengo que dar de baja la actividad de la empresa?

Muchas gracias

Un saludo