Recargo equivalencia operaciones Intracomunitarias

Buenos días:
Acabo de darme de alta de autónomo para la realización de dos actividades diferenciadas:
1. Ingeniero de Caminos
2. Venta minorista.
En el primer caso estoy sometido al régimen general de IVA, y en el segundo al régimen con recargo de equivalencia.
Me surgen varias dudas:
¿Qué debo hacer con todas aquellas facturas de gastos corrientes que me son aplicables a ambas actividades?. Combustible, telefonía, luz, material de oficina, etc.
¿Cómo funciona el recargo de equivalencia en el caso de operaciones intracomunitarias?
Dentro de los productos que vendo, un porcentaje importante son de elaboración propia, y por lo que he visto eso no entraría en régimen de recargo de equivalencia.
¿Qué se hace en casos como este en los que tienen un régimen general para una actividad y distintos regímenes para otra?
Espero haberme explicado bien.
Gracias de antemano por las respuestas.