Como descontar el IRPF ??

Buenos días, soy autónomo por módulos desde hace 4 años en el sector de construcción y pequeñas reparaciones. Desde el 1 de Enero, el Estado nos ha cambiado a estimación Directa. Mi pregunta es: ¿ Cuando me dicen que tengo que descontar el 15% del valor de las ganancias, a que ganancias se refieren??... ¿ al total de una factura, o solo al apartado de la mano de obra??. Entiendo que en una factura donde el material, por ejemplo un horno que cuesta 900€ y le cobro 100€ de la instalación, quedando un total de factura de 1.000€+21€ de IVA, el IRPF del 15% seria de los 100€ ?? o es del total de los 1.000€ ??.
Entiendo que seria de respecto a los 100€, ya que si es de los 1.000€, el estado estaría cobrando más dinero por la factura, que yo por mi trabajo.
Creo que me he explicado bien. Gracias por las posibles aclaraciones