¿Declarar IRPF aunque esté exento en la factura?

Buenas, ando un poco perdido en este asunto y pese a que lo llevo con una consultoría no me salen las cuentas.

Trabajo como autónomo prácticamente para un solo cliente, una empresa europea, por lo que no aplico IVA ni IRPF a las facturas. Ahora bien, desde la consultoría me dicen que trimestralmente, debo declarar el IVA a 0 pero que el IRPF no va a 0, que debo descotármelo yo mismo aunque no lo indique la factura y a pesar de ser una operación intracomunitaria exenta de IRPF. ¿Eso es así? Es decir, ¿la factura está exenta de IRPF pero luego al trimestre debo pagarlo todo de golpe? Y en ese caso, ¿qué porcentaje aplico? ¿15 %?

PD: He buscado en las consultas y no he encontrado nada similar, en caso de que ya esté comentado, agradecería que me pasarais el enlace, muchas gracias.

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Junta de Andalucía

Se ha recibido un incentivo de la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía IDEA, de la Junta de Andalucía, por un importe de 25.892,92 €, cofinanciado en un 80% por la Unión Europea a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, FEDER para la realización del proyecto 401N1700034 / DIGITALIZACION INTEGRAL DE LOS PROCESOS DE LA EMPRESA con objetivo de "Garantizar un mejor uso de las tecnología de la información".