Facturar antes del alta como autonomo

Hola a todos,

Tengo un par de dudas!

Yo tengo un pagina web donde promociono a diferentes empresas, por cada venta que genero me pagan una comisión, pero trabajo con agencias de marketing que hacen de intermediario en esta actividad, y son las que generan facturas para pagarme por mis servicios (llamémoslas autofacturas para entendernos), en lugar de esperar a que yo les envíe una factura y pagarla... así es como funciona!

Mis dudas son:

1. Estas empresas han emitido la auto-factura con errores, puedo yo emitir mi propia factura para la declaración del IVA y presentarla? porque me consta que si puedo usar sus auto-facturas pero ya les he pedido varias veces que corrijan los errores y no me hacen ni caso...

2. Me di de alta como autónomo en junio 2016, y me emitieron 2 auto-facturas en mayo 2016, que me pagaron, para la declaración del IVA que tengo que presentar en julio 2016, podría hacer una factura conjunta de la de mayo y junio y presentarlo todo a fecha de junio? no puedo presentar una factura emitida antes de la fecha de alta, ¿verdad?. Lo que me preocupa es que ellos por su parte presenten su auto-factura con otra fecha....

Para mas complicación una de las empresas está en Alemania y ahora tengo que darme de alta en el ROI, pero no se cuanto tiempo tardaran en concederme el NIF internacional IVA.

Muchas gracias de antemano!