Como cobrar mediante facturas

Buenos días,
soy nueva autónoma y todavía no se cómo funciona todo este asunto. Acabo de empezar a trabajar como autónoma para un centro y no se cómo tengo que emitir la factura. Mi profesión es sanitaria y está exenta de IVA, con el centro trabajo a porcentaje 60-40. En el centro me comentaron que el departamento financiero se encargaría de hacer las facturas, pero cómo no se como funciona el tema de las facturas no se si debo hacer algo. Los pacientes pagan al centro directamente, entonces a final de mes, ¿tengo que hacer yo una factura o el centro me da la factura ya hecha y yo solo la firmo? ¿cómo se cobra el dinero? De momento el centro no tiene mi número de cuenta.
Se que estas pregutnas son muy básicas, pero estoy realmente perdida. Muchas gracias!