Empresa en dos regímenes de IVA

Buenos días,
Un autónomo que tiene dos regímenes de IVA:
- Una actividad en régimen general, por el taller que tienen
- Una actividad en recargo de equivalencia por el comercio

Mi consulta es la siguiente:
- ¿Puedo aplicar prorrata?
- ¿Debo llevar dos libros de facturas separados por actividad?

Gracias

Creada el
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Junta de Andalucía

Se ha recibido un incentivo de la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía IDEA, de la Junta de Andalucía, por un importe de 25.892,92 €, cofinanciado en un 80% por la Unión Europea a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, FEDER para la realización del proyecto 401N1700034 / DIGITALIZACION INTEGRAL DE LOS PROCESOS DE LA EMPRESA con objetivo de "Garantizar un mejor uso de las tecnología de la información".