Empresa en dos regímenes de IVA

Buenos días,
Un autónomo que tiene dos regímenes de IVA:
- Una actividad en régimen general, por el taller que tienen
- Una actividad en recargo de equivalencia por el comercio

Mi consulta es la siguiente:
- ¿Puedo aplicar prorrata?
- ¿Debo llevar dos libros de facturas separados por actividad?

Gracias