Facturación: número de factura y serie

Buenos días,

Soy autónoma desde hace un año pero me acabo de dar cuenta de que para dos empresas diferentes a las que facturo, estaba numerando igual las facturas. ¿Debería hacer facturas rectificadas? ¿Cómo debería numerarlas para diferenciarlas? Como tienen que ser correlativas y ya estamos en el último trimestre del año. ¿Podría ser añadiendo serie? Es decir si las dos facturas son del mes de septiembre, ¿sería posible que fueran: 09 / 2016/nombre de la empresa? Nombre de la empresa correspondiente a cada empresa a la que factura.

Muchísimas gracias de antemano.

Un saludo