¿nómina como administrador retribuido o empleado?

Soy partícipe al 50% de una s.l, un pequeño negocio con 7 empleados. Soy administrador solidario de la sociedad, y cotizo como autónomo. ¿Cómo debo reflejar mi salario? ¿Como administrador retribuido, o puede contratarme la sociedad como gerente de la empresa?
¿Hay diferencias prácticas en cuanto a IRPF u otros impuestos?

Muchas gracias