Sociedades civiles y recargo de equivalencia

Tengo una tienda de ropa con mi mujer, Sociedad civil. pero en módulos y con recargo de equivalencia.
Ahora con la nueva legislación hemos decidido seguir siendo SC y tributar por el impuesto de sociedades, el problema lo tenemos con el IVA ya que las facturas que nos llegan, por falta de previsión durante este 2016 vienen todas con recargo de equivalencia, que podemos hacer.
Otro apunte, aunque pasamos a tributar por el impuesto de sociedades, tenemos que modificar el 036. en el apartado de obligaciones tributarias