Registro horas de trabajo

En el convenio agrario para 2017, la jornada total anual es de 1760 horas. Al registrar las horas con una jornada semanal de 40 horas (descontados festivos y vacaciones) Queda un exceso de unas 48h.
Por otra parte la consideración del tiempo de descanso diario (15 minutos mínimo para jornadas de 6 horas o más) como tiempo de trabajo y por tanto remunerado, queda a voluntad del empresario. Entiendo que si este tiempo de descanso no se considera como tiempo trabajado se puede descontar de la jornada laboral, con lo que quedaría solucionado el exceso de horas sobre la jornada anual total.
Pero las plantillas para el registro de las horas trabajadas sólo recogen hora de entrada y de salida, no estando previsto el registro de las pausas.
¿Solución?