iva intracomunitario e irpf

Buenos días,

tengo varias dudas. Mi caso es el siguiente: en noviembre de 2010 un gestor me da de alta como autónomo para poder factuar a un cliente único que es una empresa alemana. El destino de los servicios es por tanto Alemania.
Este gestor me dice que debo emitirles facturas con el 18% de IVA y con el 15% de retención y así lo he venido haciendo hasta abril de 2012. Entonces él me da de alta como número de IVA intracomunitario y me dice que ya puedo empezar a facturar sin el IVA.
Durante todos los meses/años anteriores yo he venido pagando en España el IVA a través del modelo trimestral 303.
El problema surge cuando al pedir los datos fiscales la retención ha aparecido como 0. Por lo que he visto el modelo 130 solo se pagó en 2011 y, además, la empresa alemana ni me había pagado a mí el 15% ni tampoco lo había ingresado en ningún sitio. Por tanto, me toca pagar a mí. Y, al preguntarle a la empresa alemana ellos me dicen que me han pagado de más por haberme ingresado el 18% de IVA cuando podía haberlo hecho sin IVA, por tener ellos desde el principio nº de IVA intracomunitario. Hacienda en Berlín me dice que claro, que lo importante era que la empresa país de destino (Alemania) tuviera IVA intracomunitario.
El gestor ahora dice que no sabe solucionarlo. ¿Alguien me puede ayudar a ver cómo debo solucionar el IVA y el IRPF con HAcienda por favor??

Gracias!