Numeración facturas dos actividades

Soy veterinaria y estoy dada de alta en dos actividades: veterinaria y tienda (para la venta de piensos, accesorios etc...). Este año AEAT me solicito los libros de ingresos y de compras. Para mi sorpresa me dijeron que debo identificar TODOS los apuntes con un número de factura, correlativo, según la fecha del trabajo etc... Hasta la fecha he utilizado una numeración simple desde el 1 en adelante solamente para las facturas emitidas, pero dada la cantidad de apuntes anuales (unos 4000) necesitaré cambiar a otro sistema. Mi pregunta es triple: ¿es correcto lo que me indican en Hacienda sobre asignar numeración como factura a todos los apuntes? ¿Debo numerar por separado cada actividad? ¿Es válido numerar Año-Mes-NúmeroCorrelativo, por ejemplo VET20120100007?
Gracias.