Modelo 190- Autónomo colaborador

Buenas tardes,

Tengo una duda respecto al modelo 190. Es un autónomo que tiene contratado a un hijo suyo como autónomo colaborador, según el programa de nominas en este modelo en la casilla de relación o contrato pondría la opción 3 (contrato o relación laboral de carácter dependiente), pero en el teléfono de hacienda me han dicho que debería poner la opción 1 (contrato o relación laboral de carácter general), aunque a mí no me queda tan claro… Otra duda es respecto a gastos deducibles, en la nómina no contemplamos la cuota de autónomo, ya que este se paga la suya, entiendo que en esa casilla no debería poner nada, pero el programa ayuda me pone una advertencia diciendo que revise los gastos deducibles y si pongo las cuotas pagadas también me indica lo mismo.
¿Alguien sabría decirme cual es la opción correcta respecto a la relación o contrato? ¿Habría que poner el pago de cuotas de autónomos? Por lo que he leído en algún foro esta última pregunta no queda muy clara…

Un saludo y muchas gracias,

Natalia