Prestación Cese/Desempleo

Hola,
Durante 5 años he trabajado como autónomo para solo una empresa, hace unos años entró una inspeccion de trabajo y el juzgado ha declarado que los que estamos en esta situacion somos laborales (la empresa recurrió la sentencia) de hecho hace un tiempo que en mi vida laboral ya aparece la cotizacion en reg. general junto con la de autonomo, pero es algo cautelar ya que no recibimos nómina alguna.
Hace unas semanas la empresa me ha despedido y hemos llegado a un acuerdo económico (en forma de factura) como compensación por el despido.
Se espera que la sentencia sea firme en 1 o 2 años.
Me pregunto si debo solicitar el cese de actividad, y cuando la sentencia sea firme pedir el paro y devolver la prestación. O si hay posibilidad de solicitar el paro ya que hay cotizaciones en mi vida laboral pero no tengo el certificado de empresa o carta de despido.
Me pregunto si la mutua me puede denegar la prestación por cese de actividad, al ver que he recibido una factura por rescisión de contrato.