Devolución subvención autónomo

Hola, mi caso es el siguiente: recibí subvención de establecimiento de autónomo en Andalucía. Durante un tiempo (que excedio de los 15 días permitidos) trabaje por cuenta ajena por la rama general, esto hizó que la Junta de Andalucía me reclamará la devolución de parte de la subvención e intereses, debido a que no había cumplido con los 3 años obligatorios, etc.
Según el BOE, los 3 años empiezan a contar desde la fecha de alta como autónomo.
Según el BOJA, se cuentan a partir de la fecha de la notificación de concesión. (Esto me lleva a pensar que puede existir cierta desiguldad o dicriminación, dependiendo de la CCAA a la que perteneces)
Mis dudas son:
Teniendo en cuenta lo que dice el BOE, ¿Es legal que no se tenga en cuenta el tiempo que llevaba de alta como autónomo antes de la notificación de concesión?
¿Tengo algún derecho de reclamación por ello?
Por otra parte, al mismo tiempo que estuve de alta por el régimen general a jornada completa (la empresa pago mi seguridad social por este concepto), yo seguí pagando mi seguro de autónomo al mismo tiempo (en ningún momento me dí de baja como autónomo, ni dí de baja mi actividad empresarial)
¿Es esto posible? ¿Es legal estar pagando la seguridad social al mismo tiempo por los dos conceptos?
Gracias de antemano por vuestra respuesta.