Costes secundarios de hacerse autónomo

Hola!
Me gustaría poder ser ayudado con un tema que me urge un poco. Soy estudiante de una carrera, y estoy realizando prácticas por la mañana en una empresa firmando un convenio entre Universidad y empresa para mi contrato laboral. Hasta aquí, todo bien.
Sin embargo, quiero ayudar de manera autónoma a un "amigo" en su empresa. No queremos hacerlo de forma ilegal, y tampoco podemos hacer convenio de prácticas porque ya estoy haciéndolo con otra empresa.
Se nos ocurrió la idea de hacerme autónomo, y trabajar los dos primeros meses sin cobrar. Si la cosa sigue adelante ya negociariamos un contrato diferente, pero por ahora es lo que hay.
Mis preguntas/dudas son:
¿Merece la pena?. He visto que para menores de 30 años hacerse autónomo cuesta 50 euros las mes los primeros 6 meses. Pero mi padre me ha hablado de posibles impuestos cada mes o tres meses por ser autónomo. ¿Es eso cierto? ¿Además de los 50 euros tendre que pagar mas a Hacienda pese a no estar cobrando?
Esta era mi duda principal.

Si puede ser, me gustaría saber también cual es el procedimiento para hacerme autónomo. El próximo viernes tengo cita para darme de alta en el paro (ya estoy dado de alta en la seguridad social), pero igual no hace falta o puedo aprovechar la cita para hacerme autónomo directamente. ¿Sabeis cómo funciona? ¿Que documentación hace falta?
Ahora estoy con Asisa en temas médicos porque mi madre es profesora...¿pierdo el derecho a Asisa al hacerme autónomo?

Muchísimas gracias y un saludo.