Cese de actividad por incapacidad temporal

Hola, soy autónomo y hace algo más de un mes que estoy de baja laboral por embarazo.
En un principio dejé la situación de la empresa a cargo de un trabajador, pero he decidido que, como el negocio no va muy bien, es mejor hacer un cese de la actividad.
En la mutua me han dicho que no hay ningún inconveniente por su parte. ¿Seguiré cobrando la incapacidad temporal y después la baja por maternidad?
Como no voy a tener ninguna actividad en la empresa, creo que debería darla de baja en la Agencia Tributaria también para no tener que hacer declaraciones trimestrales. ¿Qué debo hacer?
Un saludo y muchas gracias