Módulos y estimación directa

Desde este mes de mayo trabajo como autónomo en mi tienda de informática (desde el 2002 lo hacía a medias con un socio). Con el cambio me dice mi contable que debo tener la contabilidad de la tienda (ventas) en módulos y la del taller (reparaciones) por estimación directa.

No se por qué, lo que si se es que además del lío de tener que separar facturaciones, tengo que pagar un recargo de equivalencia por un lado y en algunos artículos (piezas y recambios) también el IVA de la venta.

Me insiste en que es la única manera, aunque yo sólo veo que es más críptico y caro.

¿Alguien puede asesorarme sobre si mi contable está actuando de buena fe o dejándose llevar por lo más cómodo para el?

Gracias