¿Aplicar IVA a los descuentos?

Hola a todos, tengo una pregunta que parece sencilla... pero a la que no logro dar respuesta.

A la hora de hacer una factura, puedo aplicar un descuento a un producto determinado, hasta ahí bien. Pero.... ¿si hago un descuento al final de la factura? es decir, si he facturado 100 € +IVA 21% = 121 € y quiero realizar un descuento... ¿cómo lo hago? Por ejemplo, si quiero descontar -5 € el total a pagar serían 116 €. Pero claro, en el desglose de IVA las cosas no cuadran; entiendo que el descuento lleva un IVA del 0%, es decir, no está sujeto a IVA. ¿Estoy en lo cierto? Tengo que hacer unas facturas y no sé cómo proceder. Agradezco cualquier ayuda. ;-)

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Junta de Andalucía

Se ha recibido un incentivo de la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía IDEA, de la Junta de Andalucía, por un importe de 25.892,92 €, cofinanciado en un 80% por la Unión Europea a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, FEDER para la realización del proyecto 401N1700034 / DIGITALIZACION INTEGRAL DE LOS PROCESOS DE LA EMPRESA con objetivo de "Garantizar un mejor uso de las tecnología de la información".