recargo de equivalencias

hola! llevo una empresa con dos actividades una por contabilidad general y otra que esta sujeta a recargo de equivalencias. Al contabilizar todas las facturas de gasto, NINGUNA TIENE RECARGO DE EQUIVALENCIA APLICADO POR EL MAYORISTA, es decir mi cliente no ha pagado ese recargo (aunque su actividad se supone se rige por el recargo de equivalencia), al no tener facturas con recargo se contabilizan de forma general y liquidando el IVA? gracias