Retenciones a cuenta

Buenas tardes, soy nuveo autonomo desde julio de este año y la empresa para la que realizo mi actividad me dijo que debia darme de alta en el epigrafe 692. Desde el primer momento me dijeron que me retenian a cuenta el IRPF (9%) al tratarse de una actividad profesional. Facturo el 100% a esta empresa.

Es ahora, cuando me corresponde hacer la liquidacion trimestral del IVA cuando me dicen desde AEAT que mi actividad es empresarial y que debo liquidar las retenciones correspondientes a las facturas emitidas y que ya han sido pagadas a cuenta por parte de la empresa contratante.

Quisiera saber vuestras recomendaciones al respecto, me han comentado tanto darme de alta en otros epigrafes como abonar este trimestre y que la empresa haga una complementaria.

Muchas gracias.

Un saludo.