Facturas y asientos

Buenos días

Voy a pasar consulta como nutricionista en un despacho medico que me da soporte de recepción y cobro. Por mi actividad puedo realizar asesorías nutricionales que van gravadas con IVA y otro tipo de actividades sanitarias como diagnostico y tratamiento nutricional que están exentas. Estoy utilizando un soffware de gestión que esta en internet y que me permite hacer facturas directamente. Quiero saber si puedo usar un block genérico de factura (para que cobren en la recepción del despacho) y luego hacer el asiento con el mismo numero de factura en el sistema de gestión sin caer en un tema de doble facturación? Tengo que guardar también los talonarios de facturas genéricas por 2 años?
Creeis que es buena idea dar mis claves para que un personal no contratado facture directamente desde mi cuenta en internet (no hay forma de dar accesos limitados)?

Gracias