cuota con recargo y pérdida de ayudas

Hola a todos,
¿Alguien podría decirme si, cuando el banco devuelve el recibo de la cuota de autónomos de un mes, se pierden las ayudas y bonificaciones para jóvenes en ese mes? Me ha llegado una cuota pendiente en la que no han aplicado los descuentos, más un recargo del 20%. ¿Puede haber algún error?
Muchas gracias de antemano