Trabajar autónoma para empresa que te despide

Mi empresa me ha anunciado que me va a despedir y me propone seguir trabajando para ellos como autónomo. Sé que si la empresa que te despide vuelve a contratarte antes de que pasen tres años, la indemnización por despide pierde su condición de no contributiva a efectos de Hacienda. Mi duda es si también tengo que pagar impuestos por la indemnización si empiezo a trabajar de autónomo para la empresa que me despidió.