modulos y estimacion directa

hola, mi consulta es la siguiente:
Soy autonomos y tengo una explotacion agraria, es una comunidad de bienes, tributo a hacienda en regimen de modulos.
Ahora quiero abrir una nueva empresa, una tienda de nutricion deportiva, esto segun hacienda se emplaza en epigrafe 652.4.
Este epigrafe no contempla la opcion de tributar por modulos, por lo que tendria que hacerlo en estimacion directa, obligatoriamente.
Esto me obligaria asi mismo a tributar por estimacion directa tambien en mi otra empresa (esplotacion agraria) cosa que no me convendria en absoluto, por lo que desistire en habrir otro negocio.
Mi consulta es:
¿Si hago una sociedad limitada (S.L.) seria lo mismo?
Al ser una sociedad limitada, ¿Podria no tributar en el mismo regimen las dos empresas?