Alta dos actividades- prorrata IVA

Buenas tardes!!! me gustaria plantearos una consulta, soy autonomo dado de alta desde hace años en el epigrafe carpintero y ebanista, por lo tanto en el regimen general de IVA y ahora estoy pensando en montar una tienda on line para vender regalos por lo que entiendo que esa actividad debe estar en el regimen de recargo de equivalencia. Mi pregunta es, afecta esta segunda actividad a la primera en cuanto a las deducciones? tengo que aplicar la prorrata en las deducciones?? Muchas gracias!!!!