Programas de Contabilidad para minoristas

Veamos, llevo tiempo queriendo montar una tienda online y segun tengo entendido, al ser comercio menor los proveedores me cobran con recargo de equivalencia. El problema viene cuando intentando usar programas de contabilidad y facturación(para tener todo organizado y tener mis libros de cuentas al dia) dichos programas solo me dejan usar el recargo de equivalencia para clientes y no para proveedores. Aparte de que ya de por si la mayoría de apartados que hay en estos programas me suenan a chino no veo el modo de dejar bien completo un libro de gastos con estas aplicaciones. debria crear en dichos programas un iva que sea la suma del iva y del recargo?