IRPF trabajador Autonomo + cuenta ajena

Buenas tardes,
Llevo 2 años trabajando jornada completa para una empresa, y el año pasado (abril 2013) me di de alta como autónomo, para poder trabajar en unos proyectos informáticos.
Estuve intentando hacer la declaración de la renta, y me quedé alucinado al ver que me salen más de 2000 que abonar a hacienda.
Hasta ahora, en todas las facturas que he emitido, he incluido la retención de 9%, que me la ha pagado la empresa a la cual le ofrecí mis servicios.
Estuve haciendo varios cálculos, partiéndome la cabeza para averiguar por qué me sale que tengo que pagar, y la única conclusión que me surgió es que lo que hace el programa Padre es sumar los ingresos y aplicar un cierto porcentaje al total, sin hacer caso al 9%
Entonces, mis dudas:
- ¿Será que el programa Padre 'sabe' del 9% y dónde tiene que aplicarlo?
- ¿Será que lo que está haciendo es añadir los ingresos, y al hacer eso, me incluye en otro tramo IRPF, con otro porcentaje??
Muchas gracias por adelantado.