pagar en "A" y "b"

Buenas tardes;

Mi jefe nos paga en A y B. Ahora quiere pagarnos tanto A como B, por transferencia bancaria, pero si incluirlo en la nomina solo el concepto bancario. Se que eso legalmente no se puede o no se debería hacer, pero el dice que es la única manera de pago que va hacer. Yo quiero saber si eso ami me va acarrear alguna clases de problemas de cara hacienda, banco.......ya que el importe del certificado de retenciones solo tendria el bruto de las nominas,¿si podrían asesorarme?