El IRPF en las facturas que emitimos los autonomos

Muy buenas, ya he leído acerca de como debemos facturar los nuevos autónomos y me ha quedado muy claro.
Entendido el tema de como se aplica el IRPF en una factura de un autónomo hacia una empresa y cual es la base imponible, el IVA y el IRPF y como se aplican y funcionan.
La pregunta ahora es y si tengo que emitir una factura a otro autónomo o una persona física la manera de facturar es la misma, por que las personas físicas no presentan las facturas y no van a pagar nuestro IRPF, ¿que pasa entonces? ¿cómo debe ser la factura que debemos emitir? sigue siendo: base imponible + IVA - IRPF.
Agradecería una respuesta, muchas gracias.

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Junta de Andalucía

Se ha recibido un incentivo de la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía IDEA, de la Junta de Andalucía, por un importe de 25.892,92 €, cofinanciado en un 80% por la Unión Europea a través del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, FEDER para la realización del proyecto 401N1700034 / DIGITALIZACION INTEGRAL DE LOS PROCESOS DE LA EMPRESA con objetivo de "Garantizar un mejor uso de las tecnología de la información".