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Factura a empresa,¿pros y contras segun tipo..?

Hola compañeros de infoautonomos.
voy a iniciar actividad en breve,sector servicios a empresas de automocion.
Me he dado de alta como autonomo persona fisica,y tendre que hacer las facturas reflejando el iva y el irpf correspondiente,segun el epigrafe en que estoy dado de alta,tengo que hacerlo de esta manera.
Mi pregunta es,en que medida esto afecta a mi prestacion de servicios a la empresa a la que le hago el servicio?o dicho de otra manera,si otra empresa "competencia" y constituida como S.L hace el mismo servicio que yo,la empresa contratante sale perjudicada de alguna manera eligiendome a mi como proveedor de servicios?.
Creo haber leido,que lo unico es que la empresa contratadora se tiene que hacer cargo de ingresar el irpf,no se...estoy un poco hecho un lio en este aspecto,ojala alguien me de luz y me lo explique claramente.un saludo

contras, factura, irpf, iva, pros