Sobre IRPF

Hola, acabo de darme de alta como autonomo, y tengo algunas dudas sobre el IRPF. Soy odontologo y trabajo por porcentaje de ganancias en varias clinicas, tengo entendido que durante el primer año tengo tengo que pagar de IRPF el 7 % de lo que gane al mes ? por otro lado las clinicas en las que trabajo me retienen a mi ese 7 % y este lo sacan tomando en cuenta el total de las ganancias netas del mes o el total que me queda a mi despues de restado mi porcentaje de ganancias?? Por ejemplo al mes la clinica factura 1000 euros de los cuales me corresponden el 28%, es decir 280 euros, el IRPF lo saco de esos 1000 como ganancia neta de la clinica o de los 280 que es lo que yo gano en realidad?
No se si me he explicado bien si alguien puede responder a mi pregunta estaria muy agradecida..