autonomos

trabajo con un empresa de transporte, voy de acompañanate y también hago montajes para varios de los clientes, me he dado de alta de autonomos y ahora la empresa me ha comentado que ellos pagaran mis autonomos, ¿que implica que ellos me paguen los autonomos? ¿solo puedo trabajar para ellos ?
Otra cuestión, al darme de alta me dieron de alta en transporte , pero como hago muchos montajes me han comentado que me tengo que dar de alta de los 2 iae ¿hay algún problema? ¿tendré que pagar más? gracias por todo