2 ACTIVIDADES, 1 AUTÓNOMO

Hola. Tengo algunas dudas sobre mis gestiones. Desde el año pasado le llevo la administración a mi hermano, un autónomo. Su primera actividad es "Fontanería" y la segunda "comisionista". El tema es que no sabía que esta segunda actividad requiere retención en factura y yo no la he aplicado en el segundo trimestre, ¿hay alguna forma de solucionar este error? Por otra parte, a la hora de tributar, se computanlas dos actividades juntas o por separado. Muchas gracias!