retencion en facturas de proveedores

Una empresa, proveedora, que está en estimación objetiva régimen especial de agricultura me hace una factura con una retención del 2%. Yo soy autónomo (comercio) y estoy en régimen general de IVA, ¿Es correcto que me practiquen esta retención? ¿Ó sólo se la tienen que practicar a S.L.?