FACTURACIÓN

Buenas noches, me gustaría saber que consecuencias tiene una factura emitida con el descuento del IVA y del IRPF directamnete en el concepto de la misma. Quiero decir, directamente en el valor de los servicios prestados y por lo tanto no reflejado de forma desglosada como tal. Parece absurdo pero pasó y no con una, si no con varias.
En tal caso de poder descontar el 9% de IRPF, es preferible descontar el 21% y porqué?