Facturar estando con baja por incapacidad temporal

Hola,
mi mujer tiene una tienda online que gestiona desde casa y actualmente esta embarazada de tres meses y por una serie de problemas tiene la baja por incapacidad temporal.

Actualmente está ella sóla como autonoma, pero claro al estar de baja(y creemos que lo estará todo el embarazo y luego los 4 meses de maternidad, total 10 meses) se "supone" que no puede funcionar la empresa, pero claro la tienda al estar en internet, funciona sola y van llegando pedidos, y yo, que soy su marido voy sacando los pedidos y voy enviándolos.

¿Como podemos hacerlo para que me salga de la mejor manera posible, y paguemos lo mínimo para que la empresa pueda seguir facturando y no tengamos ningún problema?

¿Podemos seguir facturando a nombre de ella aún estando de baja?
Hay pedidos que directamente no pasan por aquí, sino que tal como nos los piden en la página mi proveedor se lo envia al cliente final.

Destacar también que yo trabajo en otra empresa y hace un año exactamente me di de baja de autónomo y que en los ratos libres saco los pedidos.

¿Se puede autonomo colaborador trabajando en otra empresa?