¿Es legal emitir una factura con importe cero?

Sí, siempre que contenga todos los datos que debe tener una factura, se contabilice igual que el resto y responda a descuentos o devoluciones. En caso contrario, no, no sería legal emitir una factura cuyo importe fuese igual a cero.

¿Cuál es la finalidad de contabilizar facturas de importe cero?

La finalidad es que la factura sea legal y, además, registrar la operación realizada. En caso de una inspección, será necesario presentar estas facturas, si se solicitase, adecuadamente emitidas y con todos los datos correctos, para evitar multas.